KML’nin üç fazı vardır. Her ne kadar bazı hastalara akselere faz veya blast krizinde tanı konabilirse de KML hastaları en sık kronik fazda tanı alırlar. Kronik fazda tanı konan ve tedavi edilen hastaların küçük bir bölümü akselere KML fazına ilerler; hastalık ilerledikçe veya “akselere oldukça” hastalar tedaviye cevap göstermezler. Genellikle kolaylıkla kontrol edilebilen kronik fazdan akselere faza veya blast krizine doğru ilerleme lösemik kök hücrelerindeki ilave genetik değişikliklerden kaynaklanabilir. Ek kromozom anomalilerinin bazıları sitogenetik analizle tanımlanabilir. Bununla birlikte, KML kök hücrelerinde günümüzde mevcut olan laboratuar testleriyle tanımlanamayacak diğer genetik değişikliklerin olduğu görülmektedir.
Kronik Faz.:Bu fazda KML hastalarında hiçbir semptom olmayabilir veya kan hücresi sayılarındaki değişiklikler ya da dalak büyümesi nedeniyle tedavi öncesinde KML semptomları görülebilir (bakınız Bulgular ve Belirtiler). Bununla birlikte hasta tedavi edildiğinde kronik faz semptomları hemen ortadan kalkar. Hastanın toplam beyaz küre sayısı tedaviyle birlikte normale yakın seviyelere iner. Beyaz küre sayısındaki iyileşmeye dalakta küçülme, hemoglobin konsantrasyonunda iyileşme ve iyilik halinin geri dönüşü eşlik eder. Kronik fazda kanama ve enfeksiyöz komplikasyonlar nadirdir. Kronik fazdaki KML hastaları tedavi edildiklerinde genellikle olağan aktivitelerine dönerler.
Akselere Faz: Anemi gelişebilir veya ilerleyebilir ve yorgunluğa sebep olabilir, beyaz küre sayısı ya çok düşük sayılara iner ya da blast hücrelerinin akümülasyonu nedeniyle yükselir ve platelet sayısı genellikle düşüş gösterir. Kandaki blast sayısı akselere fazda genellikle artar (blast krizinde daha da yükselir). Dalak büyüyebilir; hasta iyilik halini kaybedebilir (bu fazda kişiler kendilerini hasta hissedebilirler) ve bunları diğer komplikasyonlar izleyebilir.
Blast Krizi: Bu fazda hem kemik iliğinde hem de kanda blast hücrelerinin sayısı artar; kırmızı küre, platelet ve nötrofil sayıları genellikle daha da düşer ve sonuç olarak hastada enfeksiyon ve kanama epizodları görülebilir. Ayrıca hastada yorgunluk, nefes darlığı, abdominal ağrı, kemik ağrısı ve/veya dalak büyümesi olabilir. Ne yazık ki blast krizi hasta üzerindeki etkileri açısından akut lösemiye benzer. Hastaların yaklaşık %25’inde blast krizindeki transformasyon akut miyelojenöz lösemiden ziyade akut lenfositik lösemi görünümündedir.